جادل محمد البحيري في تغيير مناهج الأزهر، فقال لمحمد عبده: “إننا نعلمهم كما تعلمنا، فقال له الشيخ محمد عبده: وهذا الذي أخاف منه! فقال له الشيخ البحيري: ألم تتعلم أنت في الأزهر؟! وقد بلغت من مراقي العلم وصرت فيه العلَم الفرد. فقال له الشيخ محمد عبده: إن كان لي حظ من العلم الصحيح الذي تذكر، فإنني لم أحصّله إلا بعد أن مكثت عشر سنين أكنس من دماغي ما علق فيه من وساخة الأزهر، وهو إلى الآن لم يبلغ ما أريده له من النظافة”
(تاريخ الإصلاح في الأزهر، عبد المتعال الصعيدي، مطبعة الاعتماد بمصر، الطبعة الأولى، ص٦٥.)